Нагато виноват сам, он мог спасти и Конан и Яхико, но из-за своей вечной нерешительности опростоволосился по всем фронтам. Джирая их научил пользоваться чакрой, и ушёл обратно к себе деревню, где он нужен.
На погосте мира не построешь, а именно это Нагато планировал сделать.
Я так и не понял, если Нагато такой профи в ломании неломаемого, реализации нереального и оживлении неживого, то чего он Яхико не реснул? Или ему тип надо было найти повод повыпендриваться обязательно, иначе никак было нельзя?