Эксцентричный самопровозглашенный сумасшедший ученый Окабэ Ринтаро теперь лишь тень былого себя. Подавленный и травмированный после того, как ему не удалось спасти Курису Макисэ, он решает отбросить свое альтер-эго безумного ученого и жить как простой ученик колледжа. Пребывая в окружении друзей, не ведающих о его путешествиях во времени, Окабэ проводит дни в одиночестве, пытаясь позабыть о перенесенных ужасах.
Работая регистратором на технологическом форуме, проходящем в колледже, Окабэ встречает пылкую коротышку Хиядзё Махо. Она оказывается переводчиком на проводимой профессором Алексисом Лескиненом презентации. На глазах у изумленных зрителей, Алексис и Махо показывают "Амадея" - революционный искусственный интеллект, способный хранить воспоминания личности и создавать полную ее имитацию, со всеми особенностями характера и причудами. Окабэ встречается с Алексисом и Махо после презентации и узнает, что они - коллеги Курису, и что они делали ее симуляцию в "Амадее". Алексис нанимает Окабэ для изучения поведения этой имитации, давая ему шанс вновь общаться с отблеском его давно потерянной подруги. Окабэ опасно затягивает в прошлое, и ему придется столкнуться с жестокой реальностью и обойти катастрофические последствия вмешательства в ход времени.