В 2220 году Земная Федерация начинает эвакуацию Земли, обнаружив, что к Солнечной системе приближается черная дыра, разрушающая все на своем пути. Беженцам предоставили убежище на планете Амаре, но тираны из Империи СУС нападают на эвакуационный флот.
Капитан Кодай Сусуму узнает, что его супруга, Мори-Кодай Юки, пропала без вести во время такого нападения, а легендарный Ямато отстроен заново. Он берет на себя командование кораблем, чтобы не только в очередной раз спасти человечество, но и найти свою жену и наладить отношения с дочерью, Миюки, обвиняющей себя в исчезновении матери. Но для этого ему нужно победить в боях с Империей СУС, намеренной разрушить надежды человеческого рода на новый дом и превратить Землю в источник энергии для своих эгоистичных целей.
(c) FindAnime