Кино - искусство синтетическое, каждый фильм состоит из многих частей, создаваемых самыми разными людьми. В синематографе могут найти себя и художник, и писатель, и композитор, и артист больших и малых драматических театров - но чья роль важнее прочих? Вероятнее всего, роль режиссёра, основная задача которого - не только и не столько создавать нечто новое, сколько соединять фрагменты в целую картину. Причём фрагменты частенько имеют неправильную форму и не очень-то желают стыковаться друг с другом - это создаёт некие трудности, но это же создаёт возможность проявить свой талант, если, конечно, таковой имеется. Практика показывает, что составные части хорошего фильма при ближайшем рассмотрении…
После разрушительного нападения пришельцев человечество было вынуждено покинуть Землю. Теперь люди живут на огромных космических кораблях, а с пришельцами бьются на специальных мехах, пилотом одного из которых станет и главный герой. Танигазе Нагате, всю жизнь живший в глубинах огромного космического корабля «Сидония» по стечению обстоятельств попадает на внешние уровни, населенные людьми. Капитан корабля лично встречается с ним и предлагает стать пилотом-стражником. Как раз в этот момент к кораблю приближается таинственное существо - гауна. Какова же роль Нагате в предстоящей битве с гауной?
Космический корабль Сидония - последний ковчег человечества посреди враждебного космоса, продолжает свою борьбу за выживание. На этот раз враг не только снаружи, но и внутри корабля.