История начинается в далёком будущем в далёкой галактике. Галактический Альянс Людей ведёт войну против существ расы Хидаазу. Во время ожесточённых боёв молодой лейтенант Ред и его гуманоидное мобильное оружие Кэмбер попадают в искажение пространства и времени. Пробудившись, Ред понимает, что прибыл на Землю, планету на дальней границе фронта Альянса. На этой планете, поверхность которой полностью покрыта морями, люди живут на флотах из гигантских кораблей, "сохранённых реликвий из глубин морей". Ред оказывается на флоте под названием Гаргантиа. У него нет знаний по истории планеты и её культуры, но он встречает Эми, 15-летнюю девушку, работающую в качестве курьера. Для Реда, прожившего всю жизнь…
Оказавшись в световых годах от Земли, Гиперпространственная крепость Макросс несет город, населенный военными и мирными жителями, обратно домой. Дорогу приходится прокладывать через бои с зентради и мелтранди, объявившими человечеству межзвездную войну. Во время боя Макросс превращается в гигантскую меху, которой управляет пилот истребителя Итидзё Хикару. Многочисленные передряги позволяют ему узнать получше айдола города, Лин Минмэй. Их отношения развиваются, но не все их одобряют из-за высокого статуса и известности Минмэй. Война продолжается, положение на Земле остается неизвестным, а Хикару и его боевые товарищи отбивают атаки загадочного противника. Несмотря на кровопролитие, Хикару и Минмэй…