В космосе идёт война между империями Гильгамеш и Баларант, длящаяся более ста лет. Боевые действия разворачиваются на земле, в воздухе и в космосе. И в ходе этой войны появилось универсальное оружие - роботы ВОТОМЫ. Основное их применение на земле, но они воюют и в космосе. Главный герой - пилот ВОТОМа Кьюви Кирико, который не помнит своё прошлое. Империи готовятся заключить мир. Под самый конец боёв Кирико переводят в спецотряд для выполнения особого задания. При захвате секретной станции он находит секретное оружие - идеального солдата, созданного наукой для победы в бесконечной войне. Правда Кирико по окончании операции пытаются ликвидировать. Но ему удаётся выжить. Он пытается начать жить…

Война между Гильгамешем и Баларантом продолжается, кругом царит хаос и беззаконие. Через 32 года после окончания событий, описанных в Armored Trooper Votoms, Кирико возвращают к жизни последователи таинственного культа. Теперь ему предстоит увидеть новый мир, спасти Фиану и наказать обидчиков. Сможет ли Кирико выдержать новые испытания? Куда поведёт его судьба? Что ждёт его в пути?

Кирико посещает оазис и встречает там Гото и его друзей в первый раз за 32 года. Но не всё так гладко...

На дворе 96 год Вселенского Века, активисты радикальной группировки космоноидов пытаются заполучить Ящик Лапласа. В это время юный студент Академии Анахайм по имени Банаджер случайно спасает прекрасную девушку по имени Одори. Но он никак не ожидал, что эта встреча так сильно изменит его жизнь. Волею случая он втягивается в новый конфликт человечества, где сыграет ключевую роль по его спасению.